Big Data eta Bioingeniaritza

• Europako 21 instituziok indarrak batu dituzte etapa terminaleko gaixotasun hepatikoari eta gutxiegitasun hepatikoari medikuntza sistemikoaren ikuspuntutik heltzeko.
• Navarrabiomed-FMSk Europako proiektuan parte hartuko du Bioinformatika Unitatearen bidez.

Interbentzio eta sendagai sorta anitz eskura izanagatik ere, milioi bat pertsona baino gehiago hiltzen dira urtero mundu osoan gaixotasun hepatiko kronikoaren (zirrosia) ondorioz. Gaixotasunak aurrera egiten duenean zirrosi desorekatura eta gutxiegitasun hepatiko akututik kronikora (ACLF), gibel-disfuntzioak beste organo batzuen hutsegitea eragiten du.

Zirrosiaren desoreka akutua eta gero, pazienteen %14 hiltzen da ACLFagatik hurrengo hiru hilabeteetan. Ez da ezagutzen gaixo batzuk zentzearen eta beste batzuk bizirautearen arrazoia, baina susmoa da erlazionaturik dagoela pazienteen artean dauden norbanakoaren araberako ezberdintasun genetiko handiekin, historia klinikoarekin, gertakizun prezipitatzaileekin, aurkezpen klinikoarekin eta tratamenduari ematen zaion erantzunarekin.

Norbanakoaren baitako ezberdintasun horiek tratamendu pertsonalizatuak eskatzen dituzte azpiko mekanismoen ulerkera zehatz batean oinarrituta. Egun, medikuntza sistemikoak eta errendimendu handiko teknologiak ahalbidetzen dute datu klinikoen analisia, integrazioa eta aurreikuspen eraginkor baten modelaketa, tratamendu egokitu eta pertsonalizatuago bat garatzeko.

Hurrengo 5.5 urteetan, DECISION ikerkuntza partzuergoak eskura dauden datu klinikoak eta, 8.600 denbora-puntutan, zirrosia duten 2.200 gaixoren lagin biologikoak ikertuko eta integratuko ditu terapia konbinatorio berriak identifikatzeko, animalietan balioztatzeko eta, gero, etorkizunik handiena duen terapia entsegu kliniko batean baloratzeko. 

DECISION proiektuaren helburu orokorra ACLF prebenitzea eta zirrosi desorekatua duten pazienteen artean hilkortasun tasa nabarmenki murriztea da. Proiektuak 6 milioi euroko finantzazioa jaso du Europako Komisioaren eskutik. 
 

• Website: decision-for-liver.eu
• David Gómez Cabrero. Ikerlari nagusia. Bioinformatika translazionala

Ikerketa David Gomez Cabrero doktoreak zuzendu du Navarrabiomed-en, eta emaitzak Nature Communications aldizkarian zabaldu dira 

David Gómez Cabrero doktorea Navarrabiomed ikerketa biomedikoaren zentroko Bioinformatika Unitateko ikerlari nagusia da, eta ikerketa baten emaitzak argitaratu ditu King's College London-eko profesionalekin batera; ikerketan, aho-barrunbea aztertu dute antibiotikoen aurreko erresistentzia gisa. 2017-2020 denboraldian garatutako azterketaren emaitzak duela gutxi eman dituzte ezagutzera doakoa den Nature Communications aldizkarian, eta aurrerapen esanguratsua ekarri dute antibiotikoen aurreko erresistentziaren garapenaren ezagutzan. 

Zenbait mikroorganismok —bakterioak barne— erresistentzia sortzen dute antibiotikoen aurrean, eta hori mehatxu orokor bilakatu da. Erresistentzia-prozesua ulertzeko, erresistentzia hori errazten duten geneen datu-baseak egin dira. Gene horiei oro har erresistoma deitzen zaie. Gizakiaren aho-barrunbean mikroorganismo ugari nagusi izan arren, orain arte ahoko erresistomaren azterketa oso mugatua izan da. 

Navarrabiomed-en eta King's College London Zentroaren artean egindako ikerketan sakon alderatu dute erresistoma ahoko mikrobiomaren 788 laginetan, mundu osoan; gainera, azken horiek hesteko erresistomarekin alderatu zituzten (gorozkien laginen analisitik eratorrita). DNA mikrobianoaren sekuentziazio tekniken konbinazioari eta horren analisi bioinformatikoari esker, bi zentroetako taldeek jatorriko herrialdearekin eta aho-barrunbean duen kokapenarekin loturiko aldeak aurkitu ahal izan dituzte. 

Zehazki, aldeak ikusi dituzte geneen, moten eta antibiotikoekiko erresistentzia-mekanismoen nagusitasunean. Ildo horretan, agerian utzi dute aho-barrunbean erresistomarenak diren geneen mota gutxiago izan arren, antibiotikoen aurrean erresistentzia jartzen duten geneak gehiago direla ahoan hestean baino. Era berean, erresistoman bateragarritasunak identifikatu dituzte listuaren laginen eta norbanako beren gorozkien artean.

Azterketaren arabera, garrantzitsua da erresistoma bereiztea giza gorputzaren alderdi ezberdinetan, zati bakoitzak antibiotikoen aurrean erresistentzia jartzeko duen potentziala eta testuinguru klinikoan antibiotikoen erabilerari zenbateraino eragiten dion jakite aldera.   

• Abundance and diversity of resistomes differ between healthy human oral cavities and gut. Nature Communications. 
• Behind the paper: The oral resistome: A refreshing perspective on AMR. David Moyes.