Azul oscuro (#003dc4)

MEGA: mecanismos de evolución y génesis en asma

El grupo MEGA realiza investigación clínica en el diagnóstico, seguimiento y manejo de pacientes con asma bronquial. Su principal proyecto es la cohorte MEGA realizado en el seno del CIBER de respiratorio.

Área de investigación
Enfermedades inflamatorias inmunes e infecciosas
Asma bronquial
Unidad de investigación / Grupo Vinculado
Contacto
MEGA: mecanismos de evolución y génesis en asma

Navarrabiomed-Centro de Investigación Biomédica
Hospital Universitario de Navarra, edificio de investigación.
C/ Irunlarrea 3. 31008 Pamplona, Navarra. España.

Ginecología y Obstetricia

El objetivo de este grupo es realizar proyectos de investigación en el área de la salud de la mujer, incluyendo la ginecología, la obstetricia, y todas aquellas áreas relacionadas con las patologías que afectan a la mujer. En el grupo podrán participar todos aquellos profesionales del Sistema Navarro de Salud – Osasunbidea (SNS-O) que estén involucrados en la asistencia sanitaria de las mujeres. Los proyectos realizados incluyen estudios clínicos, de ciencias biológicas (investigación translacional), y cualitativos (calidad de vida), siempre con la mujer en el centro de la investigación.

Investigador principal
Área de investigación
Atención primaria y servicios sanitarios
La mujer, el centro de nuestra investigación
Actualidad

Seleccionadas las empresas iAR, Consultoría Informática Adhoc, TedCas y Desarrollos ANASINF para desarrollar soluciones innovadoras en Salud

Autor
Navarrabiomed
  • Los proyectos están financiados por el Departamento de Universidad, Innovación y Transformación Digital con 108.104 euros, en el marco de la iniciativa inDemand Navarra

La directora general de Innovación de Gobierno de Navarra, Agurtzane Martínez Ortigosa, resolvió el pasado 28 de septiembre la primera edición de la convocatoria de ayudas “inDemand Navarra: Innovación en Salud desde la demanda”, en la que se seleccionaron empresas TIC de Navarra para ofrecer soluciones digitales a retos planteados por equipos del Servicio Navarro de Salud – Osasunbidea (SNS-O).

Las cuatro firmas seleccionadas, iAR, Consultoría Informática Adhoc, TedCas y Desarrollos ANASINF, cuentan con relevante experiencia en el desarrollo de soluciones en el ámbito industrial y empresarial, que ahora trasladan al sector de la salud. En total han recibido una dotación total de 108.104 euros para poner en marcha cuatro herramientas innovadoras que cubran necesidades prioritarias en la atención sanitaria.

Proceso innovador de co-desarrollo

Las soluciones se llevarán a cabo en un proceso de co-desarrollo que durará ocho meses en el que cooperarán tanto las empresas como los profesionales sanitarios que detectaron las necesidades existentes. Se trata un enfoque innovador en el marco del modelo inDemand Navarra, promovido por los departamentos de Salud, Universidad, Innovación y Transformación Digital y Desarrollo Económico del Gobierno de Navarra, a través del Centro de Empresas e Innovación de Navarra (CEIN) y la Sociedad de Desarrollo de Navarra (Sodena). Además, la Unidad de Innovación de Navarrabiomed y el Departamento de Salud apoyan la coordinación del modelo inDemand entre todos los agentes institucionales de Navarra.

Durante los próximos meses también se prevé implicar en el proceso a las personas que son susceptibles de utilizar cada aplicación. El objetivo final consiste en obtener prototipos funcionales, que tras su validación en entornos reales, puedan ser incorporados al SNS-O para que beneficien a los y las pacientes.

Reuniones de lanzamiento

Durante la primera quincena de octubre las empresas han mantenido ya el primer contacto con los equipos de profesionales sanitarios implicados con el fin de definir con mayor precisión los requisitos técnicos de las soluciones, para lo cual resulta imprescindible la transferencia de conocimiento especializado de los y las profesionales a las empresas.

Industrial Augmented Reality (iAR) desarrollará la solución ConectaSOS junto con Fermina Beramendi, médica del Servicio de Urgencias Extrahospitalarias, que participa en representación de los y las profesionales de Ambulancias de Soporte Vital Avanzado (ASVAs), de SOS Navarra y de Urgencias del Complejo Hospitalario de Navarra (CHN). Esta iniciativa, liderada por Jon Navarlaz, director general de iAR, ha recibido 25.364 euros para crear un nuevo sistema de comunicación que mejorará el tiempo de respuesta y coordinación de agentes en la gestión y transporte de pacientes en situación de urgencia.

Por su parte Consultoría Informática Adhoc pondrá en marcha MiCentro en colaboración con el Servicio de Apoyo a la Gestión Clínica y Continuidad Asistencial de la Gerencia de Atención Primaria del SNS-O. Coordina el proyecto el técnico del servicio, Sergio Chivite, y la iniciativa contará con una dotación total de 22.740 euros. Por parte de Consultoría Informática Adhoc, David Santamaría coordina la propuesta para crear un nuevo canal de comunicación, a través de mensajería SMS que permitirá mejorar la gestión de citas y la propuesta de información relevante por parte de los centros de salud a sus pacientes y personas usuarias.

La empresa que cubrirá el reto QuiroHelp será TedCas Medical Systems y para su puesta en marcha dispondrá de 30.000 euros. El director de Tedcas, Jesús Miguel Pérez, lidera el proyecto trabajando con profesionales del Servicio del Bloque Quirúrgico General B del CHN, para el desarrollo de un servicio de chatbot para mejorar el tiempo de respuesta del personal de enfermería instrumentista en quirófano del CHN. La enfermera Diana Marcilla coordina al equipo sanitario implicado.

Por último, Desarrollos ANASINF contará con una financiación de 30.000 euros para desarrollar la app UMD360, que tiene como objetivo trasladar a las pacientes de cáncer ginecológico toda la información y servicios diseñados de manera integrada y coordinada por la Unidad Multidisciplinar de Cáncer Ginecológico. La gerente de Desarrollos ANASINF, Ainhoa Castellano, se sitúa al frente de esta solución innovadora trabajando de forma coordinada con Juan Carlos Muruzábal, jefe del Servicio de Obstetricia y Ginecología del CHN.

Iniciativa inDemand

El proyecto europeo InDemand es una iniciativa con financiación del programa Horizonte 2020 en la que participan tres regiones piloto: Murcia, Oulu (Finlandia) y París-Ille de France (Francia). Su objetivo es comprobar si el modelo de apoyo a la innovación en salud digital desde la demanda es sostenible y aplicable a otras regiones de Europa, denominadas regiones espejo y llamadas en su conjunto como comunidad inDemand. Navarra participa como “región espejo” beneficiándose de la metodología y casos de éxito previos, pero sin financiación europea.

Categoría
Documentación
Colaboraciones Logotipos
Documentation
Vídeo
Visor 360º
Colaboradores/as
Unidad de investigación / Grupo Vinculado
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Hospital Universitario de Navarra, edificio de investigación.
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Atención primaria de Navarra

El grupo lo constituye un equipo multidisciplinar compuesto por médicos de atención primaria y farmacéuticos interesados en investigación clínica, epidemiológica y del sistema sanitario con el fin de mejorar la atención a los ciudadanos dispensada desde la atención primaria desde la visión y cercanía que proporciona el primer nivel asistencial. Este objetivo se complementa con la labor de facilitar y promover la investigación en el ámbito de la atención primaria de Navarra. 

Investigador principal
Área de investigación
Atención primaria y servicios sanitarios
Investigación clínica, epidemiológica y del sistema sanitario
Colaboradores/as
Beitia Berrotarán, Guadalupe
Universidad de Navarra
Beltrán Gárate, Idoya
Universidad de Navarra
Unidad de investigación / Grupo Vinculado
Contacto
Atención primaria de Navarra

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Hospital Universitario de Navarra, edificio de investigación.
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Neurología Pediátrica

Investigación clínica de enfermedades neurológicas que afectan a la edad pediátrica, en colaboración con otros centros de investigación nacionales e internacionales. Las líneas de investigación específicas son: epilepsia, trastornos del cerebelo, leucodistrofias, paraparesias espásticas, trastornos del movimiento, daño cerebral adquirido y trastornos del neurodesarrollo, con énfasis en la neuropsicología y psicopedagogía. Además de las líneas de investigación, se promueve la participación en ensayos clínicos y el crecimiento de una red de profesionales, multidisciplinar, que implique a los ámbitos sanitario hospitalario y extrahospitalario, educativo y social.

Investigador principal
Área de investigación
Neurociencias
Líneas de investigación
Colaboradores/as
García de Gurtubay Galligo, Iñaki
Hospital Universitario de Navarra
Unidad de investigación / Grupo Vinculado
Contacto
Neurología Pediátrica

Navarrabiomed-Centro de Investigación Biomédica
Hospital Universitario de Navarra, edificio de investigación.
C/ Irunlarrea 3. 31008 Pamplona, Navarra. España

Neuroproteómica clínica

Neuroproteómica clínica

La actividad de la unidad está orientada a definir los procesos moleculares involucrados en el desarrollo de enfermedades neurodegenerativas. Con este objetivo, trabajan en la identificación de proteínas y péptidos que median los procesos neuropatogénicos en enfermedades como Alzheimer, Parkinson, Esclerosis Multiple y Esclerosis Lateral Amiotrofica. Para ello, el equipo utiliza herramientas proteómicas que les permiten identificar y cuantificar cientos de proteínas en muestras cerebrales tanto humanas como procedentes de modelos de enfermedad. Mediante análisis bioinformáticos detectan mecanismos moleculares específicos de enfermedad, caracterizando proteínas con potencial valor pronóstico y/o diagnóstico.

El grupo lidera el Programa de Trastornos Neurológicos dentro del proyecto del Proteoma Humano a través del consorcio español constituido por Proteored-Instituto de Salud Carlos III.

El grupo también forma parte del consorcio internacional GCCR (Global Consortium for Chemosensory Research).

HBPP      

Líneas de investigación: 
  • Olfato y neurodegeneración.
  • Caracterización de los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de enfermedades neurodegenerativas.
  • Análisis molecular de la lateralización funcional del cerebro humano utilizando proteomica inter-hemisferica.
Investigador principal
Área de investigación
Neurociencia
Identificación de proteínas y péptidos en procesos neuropatogénicos
Actualidad

INNOLFACT persigue asentar la valoración olfativa en envejecimiento y desarrollar nuevas terapias nasales inmunomoduladoras para frenar el avance de enfermedades neurodegenerativas

Autor
Navarrabiomed
  • El Gobierno de Navarra financia este proyecto estratégico con 1,74 millones de euros. 

INNOLFACT es una iniciativa multicéntrica que tiene como objetivo implantar la medicina de precisión olfatoria y el desarrollo de terapias nasales inmunomoduladoras, sobre todo en lo referente al envejecimiento y a las personas con enfermedades neurodegenerativas teniendo en cuenta la dimensión de género. El Departamento de Desarrollo Económico y Empresarial del Gobierno de Navarra ha seleccionado diez proyectos estratégicos de I+D, concediendo la mayor puntuación a INNOLFACT y adjudicándole una dotación total de 1,74 millones de euros para el periodo 2020 – 2022.

Para el desarrollo del proyecto se ha constituido un consorcio con las entidades implicadas. El equipo está liderado por la Unidad de Neuroproteómica Clínica de Navarrabiomed bajo la dirección de su investigador principal Enrique Santamaría Martínez y forman también parte profesionales de la Unidad de Geriatría de Navarrabiomed, Complejo Hospitalario de Navarra (CHN), ADItech Corporación Tecnológica, Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA), Clínica Universidad de Navarra y los laboratorios Ojer Pharma. 

Desarrollo de la investigación 

Las entidades orientarán sus esfuerzos durante la investigación a la caracterización de mecanismos moleculares olfatorios implicados en el desarrollo de enfermedades neurodegenerativas como las enfermedades de Alzheimer o Parkinson, así como en la valoración conjunta del olfato y del sistema inmune en envejecimiento. Se espera que los avances puedan proporcionar biomarcadores predictivos y, en consecuencia, nuevas terapias nasales inmunomoduladoras, que permitan la administración intranasal de fármacos en lugar de otras terapias convencionales por vía intravenosa.

Enrique Santamaría, IP de la Unidad de Neuroproteómica Clínica, explica las ambiciosas expectativas del proyecto: “En INNOLFACT queremos caracterizar en profundidad el eje olfato-sistema inmune-cerebro. Para ello, el conjunto de fortalezas tecnológicas presentes en el consorcio permitirán la caracterización molecular exhaustiva de ese eje tanto en humanos como en modelos animales de enfermedad, lo que permitirá la identificación y caracterización de moléculas con potencial inmunomodulador que sean susceptibles de ser administradas de manera intranasal, con las ventajas que ello supone a la hora de tratar patologías cerebrales para las cuales no existe tratamiento a día de hoy ”.

El consorcio también analizará la capacidad olfatoria de las personas de edad avanzada con el fin de identificar si una pérdida de olfato puede ser síntoma de un sistema inmunitario más débil y, por tanto, menos capaz de hacer frente a enfermedades neurodegenerativas. Asimismo, se trabajará para ofrecer pruebas de autodiagnóstico y entrenamientos específicos orientadas a mejorar o detener el deterioro olfatorio para conseguir un sistema inmunitario más reforzado.

Entidades colaboradoras

La investigación desarrollada en INNOLFACT se enmarca en la actividad científica del Instituto de Investigación Sanitaria de Navarra (IdiSNA) y cuenta con el apoyo y la colaboración de varias entidades: Red Olfativa Española (ROE), Asociación de Familiares de Enfermos de Alzheimer en Navarra (AFAN), la Asociación Navarra de Parkinson (ANAPAR), la Federación Española de Parkinson (FEP), el Comité de Representantes de Personas con Discapacidad en Navarra (CERMIN) y la Federación de Asociaciones de Personas con Discapacidad Física y Orgánica (COCEMFE NAVARRA). Además, Navarrabiomed actúa como enlace con el Consorcio Global para la Investigación Quimiosensorial (GCCR) en el que participan más de 600 investigadores de 50 países.

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Navarrabiomed participa en una investigación internacional que demuestra la pérdida de olfato y/o gusto en pacientes con COVID-19

Autor
Navarrabiomed
  • Un consorcio, formado por más de 600 profesionales de 50 países, pone de manifiesto la importancia de confirmar el diagnóstico a aquellas personas que presenten alteraciones en la capacidad olfativa y gustativa

Navarrabiomed participa en una investigación internacional que ha confirmado que la gran mayoría de las personas enfermas con COVID-19 experimentan pérdida de olfato y/o gusto. Esta iniciativa se enmarca dentro de un consorcio internacional integrado por más de 600 profesionales de 50 países.

El Dr. Enrique Santamaría Martínez, investigador principal de la Unidad de Neuroproteómica Clínica de Navarrabiomed, lidera la participación del centro en un consorcio internacional, que ha editado un vídeo sobre el tema, y han confirmado la relación directa entre COVID-19 y la anosmia (pérdida de olfato) y la reducción de la capacidad gustativa en estadios tempranos de la enfermedad. Más de 600 profesionales de 50 países colaboran en este estudio, cuyos hallazgos pueden conllevar implicaciones en la adjudicación de pruebas diagnóstico en nuevos brotes.

El pasado 7 de abril, el Consorcio Global para la Investigación Quimiosensorial (GCCR) lanzó una encuesta masiva con el fin de recoger información sensorial sobre la capacidad olfativa y gustativa que perciben los y las participantes, personas diagnosticadas con una prueba objetiva (test PCR o valoración clínica) en un periodo máximo de 15 días antes de responder el cuestionario. Se les pidió que cuantificaran el olfato, el gusto y la función quemestesis (su capacidad para oler, saborear y percibir sensaciones de enfriamiento, hormigueo y ardor en la boca) antes y durante la enfermedad COVID-19, entre otras variables. Además, se les pidió que señalaran cualquier obstrucción nasal que se hubiera producido.

El consorcio obtuvo resultados preliminares 11 días después, el 18 de abril, y publicó los hallazgos el 8 de mayo en el repositorio público de acceso libre medrxiv.org. Un total de 4.039 personas de más de 40 países cumplimentaron la encuesta y el análisis de los resultados evidencia que el olfato, el gusto y la quemestesis se reducen significativamente en pacientes diagnosticados con enfermedad COVID-19. Es importante destacar que la obstrucción nasal no parece estar asociada con estas pérdidas, lo que sugiere que puede ser un indicador para diferenciar la infección por SARS-CoV-2 de otras infecciones virales como el resfriado o la gripe (enfermedades que sí producen obstrucción nasal).

De este modo, la reducción de la capacidad olfativa y gustativa puede tomarse como una característica distintiva de posibles casos COVID-19 que lleguen a hospitales y/o centros de salud y que requieran confirmación de la enfermedad mediante test diagnóstico.

El proyecto se diferencia de otros estudios previos sobre habilidades quimiosensoriales y COVID-19, ya que propone un enfoque internacional masivo en un marco colaborativo de ciencia abierta. La iniciativa está dirigida por Valentina Parma (Temple University, Filadelfia, EEUU), John Hayes (Penn State, EEUU), Thomas Hummel (Technische Universität Dresden, Alemania), Steve Munger (Universidad de Florida, EEUU) y Danielle Reed (Monell Chemical Senses Center, EEUU), entre otros.

Investigación en curso

A día de hoy el consorcio ha recibido ya más de 37.000 respuestas y la encuesta continúa activa.  Desde Navarrabiomed se anima a que aquellas personas que hayan experimentado recientemente alguna enfermedad respiratoria, incluido COVID-19, que acceda a https://gcchemosensr.org/ y complete la encuesta en uno de los 29 idiomas disponibles. “La participación de los y las pacientes es clave para determinar la sintomatología que ocasiona el SARS-Cov-2. Actualmente, existen comités dentro del consorcio para organizar la puesta en marcha de proyectos de investigación específicos que utilicen toda la información recopilada en la iniciativa GCCR”, señala el Dr. Santamaría.

La Unidad de Neuroproteómica Clínica está interesada en averiguar por qué se produce la pérdida de olfato en pacientes COVID-19. Para ello, ha establecido una colaboración con el grupo del Dr. David Escors (Unidad de OncoInmunología, Navarrabiomed) para esclarecer los mecanismos moleculares que se alteran a nivel olfatorio por acción del virus SARS-CoV-2.

“Una de las vías de acceso del coronavirus es a través de la cavidad nasal, por lo que analizar la ruta `olfato-cerebro´ nos puede proporcionar información sobre por qué se han observado derrames cerebrales, epilepsia y encefalitis en algunos pacientes COVID-19”.

Por otra parte, y según resultados preliminares del estudio de seroprevalencia realizado por el Ministerio de Sanidad y el Instituto de Salud Carlos III, la pérdida de olfato no sólo hay que considerarla un síntoma temprano de patología COVID-19, sino que puede ser un predictor de respuesta inmune”, informa el Dr. Santamaría.

En este sentido, la Unidad de Neuroproteómica Clínica de Navarrabiomed, en colaboración con instituciones sanitarias públicas y privadas de la Comunidad Foral, trabaja actualmente en el desarrollo e implementación de medicina de precisión olfatoria que, junto con análisis inmunológicos, permitan diagnosticar y monitorizar de manera más eficaz múltiples patologías que cursan con pérdida de olfato, entre ellas la enfermedad COVID-19.

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De izda. a dcha: Karina Ausín, Naroa Mendizuri, Joaquín Fernández, Enrique Santamaría y Mercedes Lachén.
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¡Ayuda a comprender mejor la relación entre la pérdida del olfato y el gusto y COVID 19!

Investigadores de Navarrabiomed coordinan un libro sobre cómo analizar proteínas cerebrales.

Autor
Navarrabiomed

Los investigadores de la Unidad de Proteómica del centro de investigación biomédica Navarrabiomed, Enrique Santamaría y Joaquín Fernández-Irigoyen, han coordinado la edición de la publicación científica “Current Proteomic Approaches Applied to Brain Function / Aproximaciones proteómicas aplicadas a la función cerebral”. La obra ha sido publicada por la editorial científica de referencia Springer-Nature dentro de la colección Neuromethods.

El libro se estructura en 20 protocolos estandarizados orientados a mejorar el conocimiento acerca del papel de las proteínas durante la evolución de enfermedades tanto neurodegenerativas como psiquiátricas.

Los autores, vinculados a su vez al Instituto de Investigación Sanitaria de Navarra (IdiSNA) y a la plataforma nacional ProteoRed-ISCIII, ofrecen un compendio de metodologías que permiten la cuantificación masiva de proteomas cerebrales, la monitorización de modificaciones postraduccionales, el aislamiento y caracterización de orgánulos neuronales, así como la implementación de herramientas bioinformáticas que permiten la integración de datos –ómicos. Se trata de una guía esencial tanto para estudiantes que quieran introducirse en el campo de la neuroproteómica como para investigadores que quieran aumentar su conocimiento acerca de las aplicaciones de la espectrometría de masas en neurociencias.

En el desarrollo de la publicación han participado cerca de 75 investigadores procedentes de laboratorios de investigación ubicados en España, Suiza, Francia, Dinamarca, Portugal, Alemania, India, Estados Unidos y Brasil. Muchos de ellos colaboran de forma asidua con la Unidad de Proteómica de Navarrabiomed en la iniciativa internacional “The Human Brain Proteome Project (HBPP)”.

El proyecto HBPP está patrocinado por la Human Proteome Organization (HUPO) que pretende realizar una caracterización completa de las proteínas que componen el cerebro humano en diferentes estadios de desarrollo y envejecimiento, así como en situaciones patológicas.

 

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Joaquín Fernández y Enrique Santamaría
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INNOLFACT   Implementación de la Medicina de Precisión Olfatoria
INNOLFACT Implementación de la Medicina de Precisión Olfatoria
Enrique
Santamaría Martínez
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Neuroproteómica clínica
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Neuroproteómica clínica

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Oncología Radioterápica

La oncología radioterápica es una especialidad médica dedicada a los aspectos diagnósticos, cuidados clínicos y terapéuticos del enfermo oncológico, primordialmente orientada al empleo de los tratamientos con radiaciones, así como al uso y valoración  de los tratamientos alternativos o asociados.

Investigador principal
Área de investigación
Oncología y hematología
Diagnósticos, cuidados clínicos y terapéuticos
Colaboradores/as
Zarandona Mendiondo, Uxue
Investigadora en el grupo de Calidad de Vida en el Paciente Oncológico
Unidad de investigación / Grupo Vinculado
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Oncología Radioterápica

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Bioinformática traslacional

Imagen representativa de Bioinformática

Desde la llegada de las tecnologías de alta tecnología, la investigación biomédica se ha beneficiado de una revolución de datos. El cambio ha permitido adquirir y cuantificar perfiles de muchas características biológicas, y niveles de regulación en contextos celulares y de enfermedad. Y las posibilidades sólo continúan creciendo. Sin embargo, la revolución de datos también ha creado muchos interesantes desafíos en el contexto del análisis de datos.

La Unidad de Bioinformática afronta dos de estos desafíos:

  • Integración de datos multi-ómica. Si bien hoy en día todos los investigadores integran datos, el objetivo es evaluar cómo abordar, a través de herramientas de integración, preguntas de investigación básica y clínica. Para ello, la unidad desarrolla nuevas herramientas cuando es necesario, pero además, investigan el uso óptimo y la combinación de herramientas existentes y, lo que es más importante, generan guías. Ejemplos de tales herramientas y marcos están disponibles en el paquete de Bioconductor STATegRa.
     
  • Aplicaciones de medicina translacional. El objetivo consiste en desarrollar herramientas para preguntas clínicas relevantes como la heterogeneidad del paciente. El equipo de Bioinformática hace uso de los registros y datos ómicos para identificar de forma robusta subgrupos de pacientes que puedan tener valor para generar pronósticos. Además, también les interesa identificar las trayectorias de la enfermedad a partir de datos clínicos y ómicos.

 

Área de investigación
Big Data y Bioingeniería
Bioinformática
Actualidad

Sara Palomino Echeverría defenderá su tesis doctoral el jueves, 10 de octubre

Sara Palomino
Autor
Navarrabiomed


Sara Palomino Echeverría, investigadora predoctoral de la Unidad de Bioinformática Traslacional de Navarrabiomed, realizará la lectura de su tesis por la Universidad Pública de Navarra el próximo jueves, 10 de octubre a las 13:00 h, en el salón de actos de Navarrabiomed.

El trabajo doctoral lleva por título “Unveiling Complex Diseases through Patient Stratification and Omics Analysis Acutely Decompensated Cirrhosis as a Case Study” y ha sido desarrollado en Navarrabiomed, bajo la dirección de David Gómez Cabrero, Investigador Principal de la Unidad de Bioinformática traslacional del centro y de Núria Planell Picola, Investigadora Postdoctoral en Machine Learning for Biomedicine de Cima Universidad de Navarra. 
 

Contexto y resultados de la investigación

Comprender las enfermedades complejas requiere métodos avanzados para entender su heterogeneidad inherente. Dos enfoques claves para desentrañar esta complejidad son (I) la estratificación de pacientes y (II) el análisis de datos ómicos. La combinación de ambos enfoques puede ayudar a identificar subgrupos de pacientes clínicamente relevantes y a elucidar las bases moleculares de la heterogeneidad de la enfermedad, contribuyendo en el avance hacia la medicina de precisión.

En esta tesis se pone el foco en la aplicación práctica de estos enfoques y se demuestra su efectividad en el contexto de la cirrosis descompensada aguda (AD), una enfermedad compleja con una variabilidad interindividual significativa. La investigación tiene como objetivo mejorar el pronóstico de los pacientes mediante estos métodos.
 

Financiación y difusión 

El trabajo doctoral de Sara Echevarría ha contado con financiación del Proyecto DECISION, iniciativa que se enmarca en programa de investigación e innovación Horizon 2020 de la Unión Europea y se ha difundido en Journal of Translational Medicine “A robust clustering strategy for stratification unveils unique patient subgroups in acutely decompensated cirrosis”. En la actualidad, también está en fase de revisión un artículo en Plos Computational Biology y otro en Journal of Hepatology. Además, la investigación ha dado lugar también a una herramienta bioinformática propia en R, disponible en Bioconductor: “ClustAll: Data driven strategy to find groups of patients within complex diseases”

Todos los hallazgos se han dado a conocer en foros del sector como The 21st International Conference on Systems Biology (Berlín, 2022), European Association for the Study of the Liver (EASL) Congress 2023, (Junio 2023). En este último, recibió el reconocimiento a mejor poster del encuentro. 

Sara Palomino continuará sus estudios de bioinformática en Finlandia durante los próximos dos años y medio mediante una beca postdoctoral (NORPOD-EMBL), concedida por la Universidad de Helsinki para especializarse en transcriptómica y proteómica espacial a nivel de célula única.
 

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EASL Congress 2023
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Proyecto DECISION: Investigadores de la Unión Europea buscan reducir el número de muertes en pacientes de cirrosis

Autor
Navarrabiomed
  • 21 instituciones europeas unen fuerzas para abordar la enfermedad hepática en etapa terminal y la insuficiencia hepática con un enfoque de medicina sistémica.
  • Navarrabiomed-FMS participará en el proyecto europeo a través de la Unidad de Bioinformática Traslacional. 
     

A pesar de la amplia gama de intervenciones y medicamentos disponibles, más de 1 millón de personas mueren anualmente a consecuencia de la enfermedad hepática crónica (cirrosis) en todo el mundo, cuando esta enfermedad progresa a cirrosis descompensada e insuficiencia hepática aguda sobre crónica (ACLF), estado en el que el hígado disfuncional induce la falla de otros órganos.

Tras una descompensación aguda de la cirrosis, el 14% de los pacientes mueren de ACLF durante los siguientes 3 meses. Se desconoce la razón por la que ciertos pacientes mueren y otros sobreviven, pero se sospecha que está relacionado con las enormes diferencias entre los pacientes en cuanto a su genética individual, historial médico, eventos precipitantes, presentación clínica y respuesta al tratamiento.

Estas diferencias individuales requieren tratamientos personalizados basados en una comprensión precisa de los mecanismos subyacentes. La medicina sistémica y la tecnología de alto rendimiento permiten actualmente un análisis, una integración y un modelado predictivo de los datos clínicos muy eficaces para desarrollar un tratamiento adaptado y más personalizado.

Durante los próximos 5.5 años, el consorcio de investigación DECISION analizará e integrará los datos clínicos existentes y las muestras biológicas de 2.200 pacientes con cirrosis en más de 8.600 puntos temporales para identificar nuevas terapias combinatorias, validarlas en modelos animales y luego evaluar la terapia más prometedora en un ensayo clínico.

El objetivo general del proyecto DECISION es prevenir el ACLF y reducir significativamente la tasa de mortalidad entre los pacientes con cirrosis descompensada. El proyecto recibe una financiación de 6 millones de euros de la Comisión Europea.

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King's College London y Navarrabiomed identifican la importancia de la cavidad bucal en el proceso de resistencia a los antibióticos

Autor
Navarrabiomed

El doctor David Gómez Cabrero, investigador principal de la Unidad de Bioinformática Traslacional de Navarrabiomed, ha publicado recientemente junto a profesionales del King's College London los resultados de una investigación que pone el foco en la cavidad bucal como generación de resistencia a los antibióticos. Los resultados del estudio, llevado a cabo en el periodo 2017-2020, se han dado a conocer recientemente en la revista de libre acceso Nature Communications y suponen un avance significativo en el conocimiento del desarrollo de resistencia a antibióticos.

La generación de resistencia a antibióticos por parte de ciertos microorganismos –incluidas las bacterias– es una amenaza global. Para entender el proceso de adquisición de resistencia se han generado bases de datos de los genes que facilitan dicha resistencia; el conjunto de estos genes de denomina resistoma. A pesar de la alta prevalencia de microorganismos en la cavidad oral humana, hasta ahora el estudio del resistoma en la boca había sido muy limitado.

La investigación desarrollada entre el centro de investigación biomédica navarro y el King's College London ha comparado de forma exhaustiva el resistoma en 788 muestras del microbioma oral en todo el mundo, y además éstas se compararon con el resistoma del intestino (derivado del análisis de muestras de heces). La combinación de técnicas de secuenciación del ADN microbiano y su análisis bioinformático han permitido a los equipos de ambos centros encontrar diferencias asociadas al país de origen y a la localización dentro de la cavidad bucal.

En concreto se han observado diferencias en la prevalencia de genes, clases y mecanismos de resistencia a los antibióticos. En este sentido, se ha puesto de manifiesto que, a pesar de haber una menor variedad de genes pertenecientes al resistoma en la cavidad bucal, la prevalencia de genes que proveen resistencia a antibióticos es mayor en la boca que en el intestino. Asimismo, se han identificado coincidencias en el resistoma entre las muestras de saliva y heces provenientes de los mismos individuos.

El estudio pone de manifiesto la importancia de caracterizar el resistoma en diversas regiones del cuerpo humano para descubrir el potencial de resistencia a los antibióticos de cada área y en qué medida afecta al uso de antibióticos en el contexto clínico.

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Dr. David Gómez Cabrero, Investigador Principal de la Unidad de Bioinformática Traslacional
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Bioinformática

Navarrabiomed-Centro de Investigación Biomédica
Hospital Universitario de Navarra, edificio de investigación.
C/ Irunlarrea 3. 31008 Pamplona, Navarra. España

Inteligencia artificial y razonamiento aproximado

Imagen representativa de Inteligencia artificial y razonamiento aproximado

El Grupo de Inteligencia Artificial y Razonamiento Aproximado (GIARA) fue fundado en el año 2002 por Humberto Bustince, Catedrático de la Universidad Pública de Navarra. En la actualidad dicho grupo está formado por dieciocho personas, de las cuales doce son doctores y cinco están realizando las tesis doctorales.
GIARA es un equipo multidisciplinar (físicos, matemáticos ingenieros informáticos e ingenieros industriales) que cuenta con un historial sólido y una trayectoria con notable impacto nacional e internacional. Su labor se centra en el estudio teórico de fusión de información y de los conjuntos difusos y sus extensiones así como en el desarrollo de modelos y aplicaciones en los ámbitos de Minería de Datos, Big Data y Procesamiento de Imagen. 

Líneas de investigación: 

  • Teoría: fusión de información, conjuntos fuzzy y sus extensiones
  • Toma de Decisión: multi-criterio, consenso, relaciones de preferencia, sistemas de recomendación
  • Visión por computador: procesamiento de imagen, magnificación/reducción, detección de bordes, visión en estéreo
  • Minería de datos: aprendizaje automático, clasificación, modelos basados en reglas difusas, modelos basados en ensembles, Deep Learning, Big Data
Investigador principal
Área de investigación
Big Data y Bioingeniería
Grupo GIARA
Colaboradores/as
Antunes Dos Santos, Felipe
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Barrenechea Tartas, Edurne
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Burusco Juandeaburre, Ana Jesús
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
De Miguel Turullols, Laura
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Dendarieta Sarries, Xabier
Navarrabiomed
Elkano Ilintxeta, Mikel
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Fernández Fernández, Francisco Javier
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Galar Idoate, Mikel
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Guerra Errea, Carlos
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Hernández Jaso, Ignacio
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarra
Iglesias Rey, Sara
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Jurío Munarriz, María Aránzazu
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
López Molina, Carlos
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Lucca, Giancarlo
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Marco Detchart, Cedric
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Orduna Urrutia, Raúl
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Pagola Barrio, Miguel
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Paternain Dallo, Daniel
Navarrabiomed - Universidad Pública de Navarrra
Sanz Delgado, José Antonio
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Sesma Sara, Mikel
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Uriz Martín, Mikel Xabier
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